Die Karriere an der Seitenlinie begann für Karner beim Nachwuchs des SV Mattersburg, anschließend bei der zweiten Mannschaft der Burgenländer (Co-Trainer unter Heinz Griesmayer). Ab Juni 2013 war er für drei Jahre unter Ivica Vastic, Alfred Tatar und Franz Lederer 118 Spiele lang Co-Trainer der Mattersburger Kampfmannschaft.
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Markus Karner neuer Trainer des SV Horn
Nur einen Tag nach der offiziellen Trennung von Kurt Jusits (HIER nachlesen>>>) hat der SV Horn seinen neuen Trainer für die kommende Saison der HPYBET 2. Liga: Markus Karner wird die Niederösterreicher künftig betreuen.
Zuletzt war der 40-Jährige kurzzeitig beim FC Gleisdorf in der Regionalliga Mitte tätig, erst vor eineinhalb Monaten trat Karner diesen Posten an. In sieben Spielen unter seiner Leitung fuhren die Oststeirer fünf Siege ein.
Karners Werdegang als Cheftrainer ist jung, erst vor drei Jahren markierte Stegersbach seine erste Station als Hauptverantwortlicher, es folgte ein knappes Jahr beim SC Neusiedl/See. Horn ist nun die vierte Station.