Marco Knaller - Sohn des ehemaligen Top-Goalies Wolfgang Knaller - verbrachte seine gesamte Jugendzeit, mit Ausnahme eines kurzen Abstechers zu Austria Wien, bei der Admira, wo er auch im Alter von 17 Jahren seinen ersten Profivertrag unterschrieb.
Marco Knaller spielte bei Kaiserslautern, Sandhausen und Ingolstadt
Nach einer kurzen Zeit beim FC Lustenau in der zweiten Liga wechselte der gebürtige Kärntner 2009 zum ersten Mal nach Deutschland - zum 1. FC Kaiserslautern. Dort war er dritter Torhüter der Profi-Abteilung und sammelte Spielzeit in der zweiten Mannschaft. 2012 ging es für Knaller zurück in seine Heimat, er schloss sich dem Wolfsberger AC an.
Nur ein Jahr darauf folgte der Schritt zum SV Sandhausen in die zweite deutsche Liga. 2017 ging es weiter zum FC Ingolstadt. Für die "Schanzer"kam er diese Saison zu vier Drittliga-Einsätzen, bei denen er dreimal zu Null spielen konnte und stand zudem bei beiden Relegationsspielen um den Aufstieg in die zweite Liga gegen Nürnberg im Tor.
Insgesamt kommt Knaller auf 82 Spiele in der zweiten deutschen Bundesliga.