Das Magazin "News" hatte Ende April berichtet, dass Werner über eine Firmenbeteiligung mit den Transferrechten von LASK-Spielern Geschäfte gemacht und damit gegen FIFA-Regeln verstoßen habe. Werner, der früher Spielervermittler und seit 2019 offiziell nur noch LASK-Vizepräsident war, habe demnach diskrete Deals mit Transferrechten abgewickelt, und zwar mutmaßlich auch nach 2015, als diese von der FIFA und dem ÖFB längst ausdrücklich untersagt waren.
Werner wies diese Darstellung wiederholt zurück, am 27. Mai trat er vom Amt des Vizepräsidenten beim LASK zurück. Dieser Schritt sei kein Schuldeingeständnis, sagte der ehemalige Bundesliga-Kicker damals. Er gab vielmehr an, dass er durch die kursierenden Vorverurteilungen und eine "Medienkampagne" über seine persönliche "Belastungsgrenze" gekommen sei.
Ein gesondertes Verfahren des Senats 5 der Bundesliga wegen möglicher Verstöße gegen das Verbot des Dritteigentums an Spielerrechten gegen den LASK wurde im August eingestellt. Dem Bundesligisten aus der oberösterreichischen Landeshauptstadt konnte in diesem Zusammenhang kein Fehlverhalten nachgewiesen werden.