Peter Zeidler ist aktuell Trainer in St. Gallen, und coacht dort die ÖFB-Legionäre Albert Vallci und Fabian Schubert. In der Schweiz besitzt Zeidler noch Vertrag bis 2027.
Zeidler war einen guten Teil seiner Karriere in Salzburg tätig. 2012 bis 2015 coachte er den FC Liefering. Im Juni 2015 wurde er zum Cheftrainer des FC Red Bull Salzburg ernannt. Nach 25 Spielen musste er im Dezember 2015 allerdings schon wieder dieses Amt räumen.