Mit Salzburg war Ilsanker dreimal Meister (2007/ohne Einsatz, 2014 und 2015) sowie zweimal Cupsieger (2014 und 2015). In Deutschland war er für RB Leipzig (2015-2020) und Eintracht Frankfurt (2020-2022) tätig. Beim Europa-League-Triumph der Frankfurter 2022 stand der Defensiv-Allrounder nicht im Kader.
Danach schloss er sich für eine Saison Genoa an. Mit dem Club gelang zwar der Aufstieg ins Oberhaus, Ilsanker kam aber nicht mehr über die Rolle als Ergänzungsspieler hinaus. Sein Vertrag wurde Anfang September aufgelöst.
"Stefan hat eine überragende Karriere hinter sich", meinte sein Berater Frank Schreier. "Über die letzten 15 Jahre hatten wir eine sehr angenehme und vertrauensvolle Zusammenarbeit, was im Fußball nicht selbstverständlich ist."
Im Nationalteam spielte Ilsanker sowohl unter Marcel Koller als auch unter Foda eine wichtige Rolle - wenn auch nie als unumschränkter Stammspieler. Teamchef Ralf Rangnick setzte nicht mehr auf ihn. Tor gelang dem Defensivmann aus Hallein in 61 Partien keines für Österreich.